云南农业优势明显，但存在的问题也不少，云南生态特色农业的发展需要正确认识相关问题，寻找适合自己的特色道路。
问题一、云南农业基础设施薄弱
云南山区面积较多，高稳产农田占比小,中低产田地占比大,水电路设施不完善,农业生产抵御自然灾害的能力差。
问题二、云南农业产业化程度低
生产、加工、销售一体化水平低,产前、产中、产后衔接不紧密。农业企业散、小、弱,大多数产业处于分工低端,产业链条短。高原特色农业总体上表现为“大资源”“小产业”“弱效益”。
问题三、云南农业科技创新能力不足。
云南目前在优质农产品种研发、关键科技攻关、配套技术集成、高端产品开发等方面的科技创新能力不足。高素质科技和管理人才匮乏。科技成果转化服务体系不完善。
问题四、云南农业物流体系建设滞后
云南交通不变、产业规模小、鲜活农产品冷链物流发展不足,冷库等物流基础设施建设滞后,大部分产地批发市场配套设施不全,农产品流通体系总体上难以满足农产品生产经营需要。
问题五、云南农业投融资体制不健全
目前云南农业投融资体制不健全，投入方式仍然单一,社会资本参与度不高。农业龙头企业等新型经营主体生产经营中普遍存在融资难、融资贵的问题。
问题六、农业从业人员素质偏低
云南全省农村劳动力的1/3外出务工，务农人员“386199”结构特征（老马邦注：妇女、儿童、老人为主）明显,老龄化现象严重,科学文化素质普遍较低，经营管理能力不足。
